Een certificeringsinstantie controleert certificeringsnormen en procedures voor goede agrarische praktijken. Het doel van de instantie is om het vertrouwen van de consument in de voedselveiligheid te verhogen door goede agrarische praktijken te ontwikkelen die door producenten moeten aangenomen worden. De focus van een certificeringsinstantie ligt op voedselveiligheid en –traceerbaarheid, maar bevat eveneens enkele vereisten op het vlak van veiligheid, gezondheid en welzijn van werknemers en respect voor het milieu. Vaak dekt het certificaat het volledige proces van het gecertificeerde product, m.a.w. van voor het zaadje is geplant tot wanneer het product de boerderij verlaat. In de voedingsindustrie worden momenteel verscheidene privénormen gebruikt.

Enkele voorbeelden van certificeringsnormen: BRC, IFS, GlobalGAP